提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
四位互联网企业负责人热议“大流量”“正能量”:技术向善 汇聚“善流”******
“目前,在B站有超过200万中国风作品。过去一年,观看此类视频的人有1.36亿。我们自己也会制作一些和传统文化相关的内容,比如,《花好月圆夜》《舞千年》等。”在2021中国网络媒体论坛内容论坛期间,哔哩哔哩董事长兼CEO陈睿说,B站的UP主大部分是90后、00后的年轻人,去年他用四个词来形容B站的UP主:年轻、有才华、有创意和正能量。
2021中国网络媒体论坛由中央网信办、中央广播电视总台、广东省委网信委主办,以“发展与秩序:让大流量澎湃正能量”为主题。在陈睿看来,主旋律、正能量的内容需要用年轻人喜欢的方式传播,用他们听得懂的话语来传播。传统文化要让年轻人演绎和参与,这样才有生命力。“如果年轻人都不喜欢传统文化,恐怕再过几十年,传统文化就要进博物馆了。”
2021中国网络媒体论坛在广州举行
本次论坛还设置了技术、内容、责任、产业、大湾区五个平行论坛,分别围绕“创新:技术赋能”“传播:塑造价值”“责任:共治共享”“发展:行稳致远”“大湾区:一网相联”等主题展开研讨交流,碰撞思想火花。期间,腾讯公司副总裁陈勇也表示,近十年里,正能量不断深入人心,成为砥砺奋进的时代符号;媒体融合也在加速,全媒体的传播技术和内容创新精彩纷呈,一大批精品力作成为传播过亿的爆款,为正能量传播注入了澎湃动力。
在陈勇看来,流量如同一枚硬币,一面是网民对平台的信任,另一面是平台严肃的责任和庄严的使命。与大流量相伴相随的,是时代的使命,是向善的选择,是用户和社会的价值依归。只有不断创新技术、内容与用户之间的连接形态,不断丰富连接场景,才能推动正能量的流量生态走向壮大。
字节跳动展台工作人员在展示VR技术体验
“未来的世界是靠数智、算力、算法驱动的世界。”产业论坛上,阿里巴巴集团副总裁、阿里云研究院院长肖利华表示,整个媒体发展过程和ICT技术(信息、通信和技术的组合),包括云技术,都在同步往前发展。
肖利华认为,媒体产业在数字技术发展过程中会不断创新,核心是五个方面:一是计算,视频、图片在传输、存储、计算过程中会有一系列大的变化;二是数据,在大数据时代怎样将不同类型的数据进行高效精准匹配会有很大变化;三是AI生产过程中会大幅度改变媒体;四是端,在云网端一体化、媒体元宇宙的时代,创新一定会加速整个过程;五是安全,安全是底线,必须要守住。
“新一代数字基础设施,推动了数字经济崛起,互联网已全面融入经济社会发展和人民生产生活。实体经济的数字化、产业价值链的重塑,正在诞生越来越多的新业态新模式。”快手科技联合创始人、内容安全委员会主席杨远熙说。
“数字经济深刻影响了各行各业,是挑战,更是机会。”在杨远熙看来,数字经济在重塑物理空间和实体经济,也同时在打造一个更大的数字空间。他认为,媒体的数字化转型升级,需要大胆运用新技术、新机制、新模式,以实现传播效率的最大化和传播效果的最优化。(文/图 记者 姚坤森 李政葳 潘迪)
(文图:赵筱尘 巫邓炎)